Минуло несколько лет после эпичной схватки Нео с агентом Смитом. Казалось бы должен был настать долгожданный мир, но как бы не так. Архитектор нарушил свое слово, а потому люди вновь заточены в Матрице. В то время как Машины строят новый план по уничтожению недавно оправившегося после последнего нападения Охотников Зиона. Казалось бы все кончено, но Морфеус полный решимости собирается найти нового Избранного или даже Избранных, попутно пытаясь освободить других "Подключенных".
Война людей и Машин близка к началу, но возможно ли все предотвратить? Или на этот раз будущее человечества предрешено?